馬達加斯加大頭側頸龜生活在馬達加斯加河流域,
馬達加斯加大頭側頸龜棲息在淡水而水流慢的河流及大面積的湖泊, 許多的孵化的幼龜會進入較小的河流, 在那裡它們可以成長迅速, 安全地長大成年。 喜歡溫度適宜的生長環境, 也很喜歡曬背, 相信在原生地會有少數的人工飼養, 但是並沒有詳盡的飼養資料。 側頸龜屬是可以很好的接受人工飼養的品種, 馬達加斯加大頭側頸龜也是其中一種, 如果飼養的話相信也不會很難。
在20世紀70年代, 它們曾風靡一時, 而今它們則被列入了CITES附錄II。 它們數量的減少, 是由於寵物貿易、棲息地的喪失以及當地土著食用這些大龜和它們的卵所造成的。