在處理水質淨化的過程中, 我們可以使用三種不同的過濾原理及方法, 這三種方法就是生物過濾法、機械過濾法和化學過濾法。
生物過濾法 主要指在生物迴圈過濾系統中培養不依氧氣生存的異氧性細菌(厭氧性細菌)和以氧氣生存的好氧性細菌(自養性細菌), 以氧化分解和還原分解的作用, 使飼養水質達到完美理想的程度, 因而稱為生物過濾。 生物過濾法除在七彩神仙的繁殖中應用外, 海水觀賞魚的飼養也須採用此法。
生物過濾系統的培養需要經一段較長時間後才能見效,
機械過濾法 利用物理的方法把水族箱內懸浮的微小物質與迴圈水分離, 機械過濾只是一種粗過濾, 依據過濾材料的選材不同, 也可一定程度地起到生物過濾作用的功能。 本方法是採用不同種類的潛水泵、管道泵、過濾泵以及小型濾清器等作為水質迴圈動力, 水通過濾材的過濾和濾材上硝化細菌的生化作用後,
化學過濾法 主要作用是清除水質中有機氮化合物, 增加水溶解氧, 確保生物過濾系統中硝化細菌的生態平衡。 本法主要是指活性炭過濾法以及離子交換樹脂過濾泡沫分餾器過濾法, 是利用濾材的特有吸附能力來達到控制水質的目的, 是水族箱中常見的過濾方法。