平背麝香龜棲息于水中， 是一群非常脆弱的個體， 水質的變化會使其生病甚至猝死， 近年來，
平背麝香龜習慣棲息於中等大小的小河與寬闊的小溪， 甚至水壩都是理想的棲息地， 雖然平背麝香龜可以生活在不同情況的小溪和湖泊中， 他的棲息地更適合於自由流淌的小溪和小河中， 並且長有大約2英寸深的水生植被。 河面上突起和疊加的岩石都積聚著豐富的軟體動物， 淺淺淤泥和堆積物， 中等的營養成分以及適宜的細菌數量， 適當的水溫、較低的污染， 加上不斷有沙子的累積並不會有危害的存在。
平背麝香龜害羞、神秘的平背很少曬太陽， 偏好於黃昏的微弱陽光和夜晚出來活動，
