錦鯉魚也是雌雄異體的水族生物， 從外表上看， 錦鯉似乎都是一個樣子， 這也讓初次接觸錦鯉魚的朋友很難分辨其公母。 其實， 雌雄錦鯉魚有著很明顯的差別， 而飼養者可以根據這些區別準確的分辨出錦鯉魚的公母。
首先， 要分辨錦鯉魚的公母， 可以分別觀察幼魚和成魚之間的不同。 簡單的說， 雄魚鰓蓋和胸鰭的第一條鰭條表皮細胞特別肥厚， 而且需要注意的是在第一條鰭條的上面， 肉眼可以看到整排許多小突起， 這被稱之為“追星”。
其次， 在錦鯉魚的繁殖期間， 這些小點上還會有白點出現。 簡單的說， “追星”雄錦鯉魚的第二性征， 而雌魚則無“追星”。
最後， 雌性錦鯉魚比雄性錦鯉魚的腹部更肥大；肛門處雌性錦鯉魚寬平近圓形， 而雄性錦鯉魚較小成長橢圓形；
需要注意的是， 在錦鯉魚的繁殖期間， 在繁殖期雄性錦鯉魚常尾隨追逐，
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