日本地龜的背甲顏色較淺， 頭部相對較小， 眼睛很大， 背甲相對比較扁平， 有棱突但是並不明顯，
日本地龜的身體大致為棕色， 頭部的顏色稍稍淡於體色， 頭部的兩側與頸部周圍都長有黑色的小斑點。 只能看到一條脊棱， 棱突起的地方能夠看到一條淺色的黃條紋， 有的龜可能沒有。 背甲後沿為鋸齒狀。 背部還帶有發散狀的溝渠形成的別致紋絡。 成年的日本地龜背長大約為13cm~18cm左右。 它的身體為灰色偏黃， 四肢和尾巴的兩邊帶有菊色和暗橙色的條紋。 此龜的身體大於雄龜， 但雄龜的尾巴較長。
日本地龜背甲最長可生長至約17釐米， 底甲有色彩鮮豔的花紋。 背甲板邊緣呈鋸齒狀， 背甲呈紅褐色， 有顏色暗淡的斑紋， 背甲和腹甲之間有鉸鏈位；腹甲呈黑色或黑褐色，
