北部黑瘤地圖龜的外觀就像所有地圖龜一樣， 都有著地圖一樣斑斕的圖案，
北部黑瘤地圖龜最大甲長19.1公分。 前方椎盾的前緣部位有明顯的黑色瘤狀突起， 且背甲上具有黃色細紋。 眼部後方的黃斑均向後延伸， 在左右兩邊合流後呈現出Y字型模樣。 此外， 背甲後緣呈明顯的鋸齒狀。 幼年背甲顏色較淺， 隨著年齡的增加， 顏色逐漸變深。
稚龜背甲斑紋不明顯， 呈漩渦狀， 突起的黑瘤也很明顯， 成年後斑紋與底色的區分明顯， 所以看上去會更明顯。 頭部斑紋與身體上的圖案交相呼應， 形成很好的保護色， 最大的特點就是眼後那一抹黃色的橫紋， 與其他位置的斑紋有區別， 並在頭部形成很好看的Y字形。
背甲大體呈圓形， 但邊緣呈鋸齒狀， 稚龜明顯， 成龜會齒狀會變小， 且邊緣一圈的圖案像剪紙一樣突然消失， 並沒有根據形狀在生長圖案。
