魚缸使用久了, 魚缸壁上難免都會產生髒汙、苔蘚, 這時可以使用磁性刮除器將水族箱缸壁玻璃上的污垢和苔蘚做刮除和清理的動作。
清洗過濾系統時要以實體層為主, 其他幾層若是頻繁清洗反而會洗去硝化菌。 清洗過濾系統時要注意不可以搓洗的方式來清潔, 也不要過分要求潔淨程度, 更不能使用漂白水喔!硝化菌一旦被清除, 就會失去過濾微生物的作用。 若是小型魚缸, 在清洗時可以使用較大的臉盆, 然後將魚缸的水以及小魚倒入臉盆中, 而沉澱魚缸底部的汙物要儘量留在魚缸中。 清洗魚缸的過程中要確保油污以及洗滌劑徹底洗去。