沼澤箱龜的健康狀況與飲食是分不開的, 提供給他相應的食物很重要, 野生環境下沼澤箱龜會捕捉一些昆蟲等小動物,
沼澤箱龜可以挖掘地下的蚯蚓或枯木中的蟲類, 蝸牛, 毛蟲, 甲蟲等為主食, 也會吃果實, 青草, 漿果類, 菌類及野花等植物類食物, 主要是在陸地上覓食。 而在人工環境下, 要長期成功的飼養箱龜, 就需要花較多時間去注意它們的進食狀況, 並經常調整食物的內容。 以達到營養均衡的要求。 基本上箱龜食物中, 動物性蛋白質如麵包蟲, 蟋蟀或蚯蚓等要占50%, 也可以用箱龜飼料替代。
植物類的食物如一般蔬菜類, 豆類, 蘿蔔和馬鈴薯等可占箱龜食物的30%。 至於青草, 苜蓿, 稻草, 蘿蔔葉等纖維質較高的植物可占10%。