龜體解剖示意圖
龜胚胎期雖有鰓裂產生， 但不會形成鰓， 自然也不用鰓來呼吸， 龜胚胎的氣體交換是通過尿囊來實現的。 出殼後的龜會使用肺部呼吸，
龜龜的身體機能構造是有別於其他動物的， 其呼吸方式也是與眾不同的。 龜類的內鼻孔呈裂縫狀， 開口處在口腔的中部。 聲門是靠近氣管的入口處， 在聲門的後面， 有一對上皮粘膜， 但沒有聲帶， 在聲門後面的就是喉頭。 然後是約等於頭頸長度的氣管， 當氣管進體腔後， 就分為左右氣管。 氣管與支氣管都有軟骨環支撐， 以保證氣管暢通。 當氣管進入形似囊狀的肺臟時， 就分成7~10根以上的肺管， 再分細支到達各部分， 形成蜂窩狀的肺泡， 使肺表面積增大， 以增強氣體交換功能。 氣管軟骨環在食道鄰接處中斷， 僅有結締組織膜把它們聯接起來。
因為龜龜的身體由背甲和腹甲包著， 所以不能像其它爬行類動物和脊椎動物那樣可以靠漲縮肺部來完成呼吸過程。 龜類的呼吸一般是由兩種方式。 一種是龜龜靠舌頭在口腔內的活動來完成。 龜龜舌頭在口腔內的上下活動， 改變口腔內的容積， 使口腔內空氣吐出或吸入。 龜的口腔與咽頭黏膜佈滿毛細血管， 可以進入氣體交換， 這是龜龜的一種輔助呼吸方式。
另一種是靠龜龜的頸部和四肢的活動來完成呼吸的。 龜龜頸部和四肢的活動， 使得龜龜內部器官的肌肉擴張、推擠肺部， 這樣就可改變被包容在甲殼內的腹腔的大小， 從而影響肺的擴大與縮小，
如果飼養環境的溫度事宜龜龜活動的時候， 龜龜會四處走動而自然完成呼吸， 如溫度過低而使其不願活動時， 因四肢不再活動而必須由活動頸部牽動前腳來幫助完成呼吸動作。 如果細心觀察的話， 你可能會發現龜在睡眠或者冬眠時也會發生無意識的頭部和四肢抽動現象， 那就是呼吸動作。
水棲性的龜， 在泄殖腔的尿道側壁有一對尿囊， 也叫做副膀胱， 這兩個副膀胱同時具有吸水和排水的作用， 並且這對副膀胱的壁上還分佈有特別豐富的毛細血管， 在水中可以進行氣體交換， 所以它又被視為龜龜的另一套呼吸系統， 好像龜龜又回歸到了未出世前的胚胎時期的呼吸方式那樣。
總結的說實際上龜龜的呼吸方式像略低於它們的兩栖類動物那樣，
