雌性的灰藍扁尾海蛇體長通常比雄性的要大一些。 成年後的灰藍扁尾海蛇理想的雄性體長應在87.5cm左右，
灰藍扁尾海蛇背部多以藍色及灰色為主， 腹部則以黃色為主， 身上滿布黑色的橫向條紋。 唇部呈黃色， 頭部則主要為黑色。 灰藍扁尾海蛇的腹部扁平寬大， 鼻端及吻部同樣扁平， 吻鱗為單片大鱗；身上有21至25排不規則分佈的鱗片。 其身體主要呈稍微被壓扁的近管狀的形狀， 吻部高翹， 前額有一片大鱗片（亦有部分蛇類可能沒有這塊鱗片）。 有一片眶前鱗及兩片眶後鱗， 7至8片上唇鱗， 第三至四片上唇鱗貼近雙眼；有五片下唇鱗， 接觸頦部。 腹部有213至245片鱗片， 雄蛇有37至47片尾鱗， 雌蛇則有29至35片尾鱗。
