透紅小丑魚的顏色有鮮紅、紫紅和紫黑三種, 並且身體上的三條白色環紋非常有特色。
成魚體呈橢圓形而側扁, 吻短而鈍。 眼中大, 上側位。 口大, 上頜骨末端不及眼前緣;齒單列, 齒端具缺刻。 背鰭單一, 軟條部延長而呈方形;尾鰭呈扇形, 上下葉外側鰭條不延長呈絲狀。 成魚體黑色, 頭部、胸腹部以及身體各鰭均為紅色。 眼睛後方具一鑲白緣之寬白帶, 向下延伸至喉峽部。 亞成魚體一致橙黃色, 眼睛後方具一白色豎帶。 隨著成長, 體色逐漸轉紅, 且身體後方出現黑斑並擴散至整個身體。
透紅小丑魚的稚魚全體黑色的有鱗片集中藍色的;在前額與上側面上的白色的斑塊;所有的鰭黑色除透明的胸鰭與軟背鰭鰭條的外部部分。