沒長期親自接觸卡箱的人， 要能分辨東部箱龜與三趾箱龜並不簡單， 在我買賣的過程中， 曾多次接洽所謂賣東部箱龜的賣主， 而往往看到時才發現是很漂亮的三趾箱龜， 並非東部箱龜；也曾詢問過周遭玩爬蟲的龜友， 他們往往只能認定“漂亮或豔麗=東部箱龜”， 而事實上並非如此。
三趾箱龜顧名思義， 後爪為三爪， 但亦有四爪， 甚至有一邊三爪另一邊四爪；而最不容易分辨則是三趾箱龜的殼花紋， 可從兩方面來說， 一是底色二則是放射性花紋。 底色由淺褐色到深咖啡色都有， 而放射性花紋亦是淺褐色到深咖啡色，
至於頭的肉色， 有可能單一色系例如紅色或橘色， 甚至有紅黃橘白等顏色混雜。 至於頭型， 具我觀察東部箱龜的頭似乎比三趾箱龜大些(以同等大小來說)， 而成熟公東部箱龜的頭型比公三趾箱龜要來的方扁些。 至於體型方面， 東部箱龜一般比三趾箱龜要來的大， 整個殼型也是有差別， 但那要親眼比對才容易看出。
