水草經過消毒之後, 為了使種植後的水草能夠順利成長, 以及避免將藻類引進水族缸, 必須事先給予妥善的修剪。
市場上銷售的有莖水草通常都還未長出根, 在買回種植之前, 如果莖節下部保留太長, 栽種後莖節沒有栽入砂層中, 可能會使栽入的部分發生腐爛, 而讓植物體從底床脫離, 並浮在水面之現象。 因為有莖水草的根主要是從莖節長出來的,
凡是無莖的根生水草, 都要把大部分的鬚根剪掉。 能不容易把它的莖節栽入砂層中。 凡是無莖的根生水草, 都要把大部分的鬚根剪掉,因為大部分的根都會枯萎而長出新根。 另外, 某些蓮座生的無莖水草, 如皇冠草, 其根部經過修剪後, 在種植時, 也較為便利。