龜蛋在收集後、孵化前要進行一次消毒工作， 龜蛋的消毒不同於環境的消毒， 消毒方法有很多種， 既可以保證龜蛋的消毒效果，
一、新潔爾滅消毒法
可用5%的新潔爾滅原液， 加水配製成0.1%的溶液， 用噴霧器噴灑在種蛋表面即可。
二、碘液消毒法
將種蛋置於0.1%的碘液中浸泡30~60秒， 取出瀝幹後裝盤。 碘溶液的配製方法：碘片10克， 碘化鉀15克， 二者同溶于1000毫升清水中， 然後再倒入9000毫升清水中即可。 浸泡種蛋10次後， 溶液中的碘濃度會降低， 如需再用， 則可延長浸泡時間至90秒， 或者添加新配製的溶液。
三、土黴素消毒法
將種蛋放入預先配好的土黴素鹽酸鹽水溶液中浸泡15分鐘。 藥液濃度為0.05%（即1公斤水中放0.5克土黴素鹽酸鹽）， 溶液的溫度為4℃。 如溫度高時， 可將冰塊放入溶液內降溫至4℃後， 再將種蛋放入浸泡， 15分鐘後取出在孵化室內放置1~2分鐘，
四、三氧化氯泡沫消毒劑消毒法
近年來國外開始採用三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋， 效果很好。 三氧化氯泡沫在使用時， 不破壞蛋殼膠膜， 而且省藥安全、省力， 省藥、無氣霧、無回濺。 三氧化氯泡沫呈重疊狀， 附著於蛋殼表面時間長， 殺菌徹底而對種蛋無傷害。 據實驗， 用三氧化氯泡沫消毒劑消毒髒鴨蛋， 可提高孵化率10%以上。
具體消毒方法：用40PPm三氧化氯泡沫消毒劑消毒種蛋5分鐘即可。 三氧化氯泡沫消毒對減少蛋殼及蛋內細菌效果及佳， 特別適合容易受污染的水禽類種蛋的消毒。
五、福馬林（甲醛溶液）消毒法
用福馬林與高錳酸鉀混合薰蒸消毒種蛋和孵化機。
六、高錳酸鉀（灰錳氧）消毒法
高錳酸鉀為黑紫色結晶， 有金屬光澤， 易溶于水。 消毒種蛋時用0.5%的高錳酸鉀溶液浸泡種蛋1分鐘， 取出瀝幹後裝盤即可。
