下痢的原因有很多種， 飼料突然變的不一樣、天氣忽然變冷、就連飼養環境的改變也有可能會造成下痢， 如果是這種單純的下痢的話， 大多數在家中靜養休息就可以治癒。
但是下痢的病情當中有很多是屬於危險性的下痢， 如果延誤治療的話很可能會造成鼠鼠的病危， 所以絕對不可以輕視鼠鼠拉肚子這件事， 不要還觀察個病情兩三天， 應該在一開始發現的時候就要快點帶它們去給醫生看。
下痢大約可以分成下列四種：
細菌性腸炎
原因與症狀：因為吃了腐敗的食物、不衛生的環境、或是壓力過大的原因造成體力變差，
治療方法：初期可以用口服的方式利用抗生素或是止瀉藥來治療， 但是如果沒有改善反而病情更惡化有脫水的現象的話就要添加補充一些營養劑。 另外如果直腸從肛門脫出的情形發生的話就需要內科或開刀治療。
真菌性腸炎
原因與症狀：真菌也就是黴菌。
大多數的情況是酵母菌的一種，
與細菌性腸炎感染的途徑有些類似，
大多數感染的鼠鼠會有體力會變差情況發生，
透過顯微鏡的檢查可以發現真菌的存在。
治療方法：可以透過口服的方式同時服用止瀉藥和抗真菌劑。
寄生蟲性腸炎
原因與症狀：所謂的寄生蟲性腸炎是因為腸內鞭毛處有存在一些屬於原蟲類的寄生蟲所引發的，
治療方法：可同時口服止瀉藥和驅寄生蟲藥， 另外拉肚子鼠鼠的便便一定要立刻清理掉並且將籠子加以消毒。
濕尾症
原因與症狀：很抱歉我查不道這個疾病的正式中文名稱，
在日本被稱為濕尾症，
正式名稱是傳染性回腸過形成炎。
因為尾巴會有濕濕的樣子所以被稱為濕尾症，
目前臨床診斷十分的困難，
因為細菌性腸炎、寄生蟲性腸炎以及真菌性腸炎都會有這種濕尾的情形發生，
尤其是出生後3～5周的幼鼠特別常見這種濕尾症。
治療方法：盡可能早期發現早期治療， 因為死亡率很高。
