只有能提供合適的環境， 才能使過濾系統發揮理想的效果。 水中的細菌要求一定的生存條件， 主要是氧濃度、溫度、酸鹼度和營養。
氧濃度：好氧菌類在缺氧的環境下會快速死亡， 死亡後就成為有機廢物；厭氧菌類在缺氧的環境中才能較好地生長繁殖。 所以， 過濾系統中最好能設置有氧區和無氧區， 先在水中含氧量大的區域（通常是前面部分）放好讓好氧菌類（消化細菌和硝化細菌）生長繁殖的濾材， 經過好氧菌區域後， 水中的含氧量會劇烈減少， 在進入相對的“無氧區”內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。
溫度：所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。 硝化細菌合適水溫在20~28度， 超過這個範圍時他們代謝作用變得比較緩慢；溫度低於5度或高於42度就停止代謝作用。 水中的其他細菌同樣要在一定的水溫下才能正常生長繁殖， 一般要求水溫控制在20~30度代謝才能比較旺盛。 所以， 在冬季水溫較低的時候， 各種細菌群的代謝減慢了， 有機廢物的腐化分解過程就會比較慢， 水質的惡化也就慢了， 但整個過濾系統的菌群依然能處於平衡狀態。 然而， 隨著水溫上升， 細菌代謝慢慢恢復正常， 有機廢物的腐化分解速度會增加， 水質的惡化速度就增加，
酸鹼度：硝化細菌一般要求在PH6.5~8.5的水體中才能正常生長繁殖。
營養：消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
另外， 硝化細菌需要潔淨的固定物表面作生長繁殖的場所；光線對硝化細菌有強烈殺傷作用；水中加入抗菌類藥物後， 會使水中的菌類失衡破壞原有的各種細菌群。
