體內和體外寄生蟲是龜類常患的疾病， 其中在野生和進口品種中最為常見。 寄生蟲的大量繁殖會引起龜消瘦、貧血， 甚至死亡。 因此， 一旦龜開始進食， 就應該考慮寄生蟲的治療。
芬苯噠唑、甲硝噠唑是常用來除去體內寄生蟲的良藥， 用量為50mg/kg， 把它混入龜最喜愛吃的食物中， 並放在乾淨無水的地方， 以防藥被水沖走， 連續喂藥三天， 一個星期後再重複用藥。 龜類的體外寄生蟲有的長達幾釐米， 也有小如螞蟻的， 故對剛來的龜要仔細檢查。 除去水蛭、螞蟥等體外寄生蟲， 可用沾有酒精的棉花棒使它從龜身上脫落，
隨龜糞便排出的寄生蟲卵能存活一段時間， 故在整個隔離期， 須進行３次以上的糞便核對總和體外寄生蟲檢查， 防止再次復發。
