在水草養殖中， 我們會建立一個底床來促進水草的生長， 底床的種類繁多， 大致以石頭類和土壤類為主要介質。 底床如照料不周或是受到一些其他的環境因素影響， 會產生腐敗。
當水草缸在養殖一段時間後常會有一些魚蝦排泄物或其他微生物代謝產物累積在底床， 黑土當時間一久會崩解成碎屑或雜留往往會導致底床累積雜留而漸漸硬化變成底床通透性不佳， 會影響到水草根部的發展。
通常， 我們認為導致底床腐敗的來源是底床內富含的有機物所致， 這些有機物包括我們經常會使用的基肥以及從沙面上滲入的魚類的糞便、殘留的餌料等等。
基肥， 其主要成分往往是經過一定發酵的有機物， 其成分並不會比我們養花經常使用的麻將渣、豆餅、動物糞便、馬蹄等等差多少。 少數基肥為了保證在建缸初期也能提供一定的養分， 還會摻入少量的化肥， 有些基肥還會摻入某些利於基肥分解的菌種。 基肥中含有的主要成分無非是那麼幾種， 氮磷鉀和少量其它元素。 某些宣稱不含有氮磷的基肥（鉀肥不可能不含有）， 實際上並不是真的不含有這些東西， 只不過是不含有這些元素的水溶性鹽而已。 基肥本身所含有的物質是不能直接被水草所吸收的， 它們必須要靠一些細菌的幫助， 通過一些化學反應將其轉化成利於水草吸收的形式。
含有氮磷鉀的有機物， 被細菌分解後， 一部分會變成有機鹽或者無機鹽， 另外還有一些會變成“氣體”， 這些氣體可能會包括硫化氫、氨氣、甲烷等等， 這就是前些年國家在農村大力發展的“沼氣”。 沼氣在有機物的分解過程中是難以避免的產物， 也是造成臭味的主要原因。 將有機物分解， 要靠各種細菌的協作才能完成， 我們所知道的， 其中的主力軍是一些厭氧菌和中性菌， 它們是靠有機物分解時釋放的化學能存活。 有機物分解， 產生某些令人不悅的氣體， 以及某些有機鹽和無機鹽，
那麼如何防治底床腐敗呢， 直接粗魯地拔起水草肯定會造成周邊水質渾濁並影響到其他草的光合作用， 而這些累積在底床的雜質污染物在修剪水草連根拔起時，
對此， 我們可以運用一些水族專用的換水器具， 並注意水草連根技起時的配套措施， 即可一次就優雅的完成這項工作， 且確保整缸水留仍清澈可視。 首先在換水時先關掉篩檢程式， 再進行水草拔除動作， 等同換水時順便清理底床， 一舉兩得。 將水草連根拔起時應分階段慢慢拔起， 這樣可以避免底床的污穢物四處飄散， 運用清理底床專用的虹吸管在欲拔起水草根部附近不斷的吸底床，
可不要一次就整株快速拔起， 應一邊拔水草然後一邊在根部四周吸一下， 持續這動作越多次且越慢越好， 當水草根部四周的污穢物都被吸的差不多時， 此時深根在底下的根部已漸漸快被拔出了， 只要輕輕一抽即可以輕鬆將整株拔起， 此時的水質仍可清澈且不會渾濁， 而根部還會很乾淨， 都不會卡住一堆底沙或汙物。 如此就可優雅地連根拔起水草並且輕鬆完成同步清理底床的工作。
其實適當的腐敗也有好的一面， 從生態迴圈上來說， 腐敗是自然界所必有的一種物質迴圈形式， 不管你願意也好不願意也好， 它是時刻存在並發生的， 並且，正是由於這種自然的物質迴圈機制，使得我們的環境能夠始終處於一個健康平衡的狀態下，而不是被垃圾填滿。“腐敗”的另一個重要作用，也是最重要的作用，就是產生了水草所需要的可以直接被吸收的養分。我們所施加的有機肥，必須通過“腐敗”這一環節，才能成為真正的“肥”，正如米麵要做熟了才能成為真正的糧食一樣。
所以底床腐敗也不是非治不可，適當的腐敗會有利於水中的生態系統的迴圈，當然如果產生大量的臭味，影響了欣賞，那就該好好治理了。
並且，正是由於這種自然的物質迴圈機制，使得我們的環境能夠始終處於一個健康平衡的狀態下，而不是被垃圾填滿。“腐敗”的另一個重要作用，也是最重要的作用，就是產生了水草所需要的可以直接被吸收的養分。我們所施加的有機肥，必須通過“腐敗”這一環節，才能成為真正的“肥”，正如米麵要做熟了才能成為真正的糧食一樣。所以底床腐敗也不是非治不可，適當的腐敗會有利於水中的生態系統的迴圈，當然如果產生大量的臭味，影響了欣賞，那就該好好治理了。
