雖然巴西龜是最容易養， 也最不挑剔的水族箱養殖動物， 但是有一個缺點：它們排泄太快大多， 加上溫度高， 剩餘的飼料容易腐敗， 所以水總是發臭。 才換過水兩天， 又變成一池渾湯， 連巴西龜都幾乎看不見了， 這是因為單胞藻繁殖的緣故， 水中養份充足、溫度合宜， 綠藻養繁殖極速。
若干實驗試圖以化學物質保持池水澄清， 但效果並不理想。 用CHlNOSOL(一公克對三十公升水)雖可使水維持一星期澄清、不發臭， 但被龜攪動起來的碎屑和腐敗的糞便即使水質更髒。 巴西龜長期生活在這種水質中， 是否有害大腸菌還沒有定論，
最簡單的辦法是完全換水。 餵食後四小時把舊有髒水放掉、抽掉、倒掉。 然後以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。 清洗時先把巴西龜放到一個塑膠盆裡或池畔的陸地上–當然是跑不掉的地方。 注入溫度適宜的清水後再把龜放回水中。
有些種類的沼澤龜或水龜不太能適應完全換清水， 但巴西龜不久便能習慣于這種作法和給它帶來的干擾。 完全換水仍有一個缺點二會誘使彩龜加速排盡腸中糞便， 把剛換過的水又弄髒了， 所以最好在換水後不久察看一下養殖箱(池)， 把糞便清除。
