水中硝化系統扮演著重要的角色
在水族的過濾上， 我們一般會採用多種方法， 有物理方法， 也有化學過濾， 在化學過濾上，
在“老”水族箱中有上兆的細菌生存著， 不同的細菌有著不同的工作和任務， 它們會經過許多程式的氧化作用將有機營養鹽分解或轉化成水、二氧化碳以及各種無機鹽類。 蛋白質會被分解成為胺基酸而轉化成無機鹽的氨。 魚類會排泄出氨和尿液， 而水質中的酵素會將它們分解成銨鹽和二氧化碳。 部份硝化細菌能借助溶解于水中的氧氣將氨轉化為亞硝酸鹽， 這些亞硝酸鹽又被分解為無毒的硝酸鹽。
影響硝化系統的因素
1、溫度
所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。
2、光
硝化菌不像綠色植物及某些自營性光合細菌一般具有光合色素， 因此不能利用日光進行光合作用**有機物。 不僅無法利用日光， 反而會害怕日光照射。
3、底質
硝化菌非常需要底質， 但不同的是它的目的不在於覓食， 而是底質可以提供附著、掩蔽和獲得其所需要的氨源及營養源。 許多硝化菌沒有找到適當底質前不能進行繁殖， 以及不能利氨源與營養源。
4、水流
由於硝化菌的固著生活特徵， 必須靠水流輸送它所需要的氧氣、氨及營養物質等生存資源。
5、溶氧
溶氧為硝化菌不可或缺的生活要素。 建議是不要低於2ppm。 ph值：一般而言， 絕大多數硝化細菌比較喜歡生長在弱鹼性的環中， 其ph值約7.5~8.2。 ph值會影響硝化細菌生長與繁殖。 亞硝酸菌ph範圍7.0~8.0， 最佳平均是7.8。 硝酸菌範圍約6.5~8.5。
好氧菌類在缺氧的環境下會快速死亡， 死亡後就成為有機廢物；厭氧菌類在缺氧的環境中才能較好地生長繁殖。 所以， 過濾系統中最好能設置有氧區和無氧區， 先在水中含氧量大的區域（通常是前面部分）放好讓好氧菌類（消化細菌和硝化細菌）生長繁殖的濾材， 經過好氧菌區域後， 水中的含氧量會劇烈減少， 在進入相對的“無氧區”內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。 水經過完整的過濾後需要用氣泵增氧後再返回主缸體。
6、競爭排除作用
指硝化菌的生活空間遭到其它異營性細菌的排擠壓力， 導致硝化菌族群無法持續發展， 乃至有逐漸萎縮趨勢。 有機物污染不但會影響硝化細菌生長， 也會引來異營性細菌， 逼使它們不得不撤離家園， 重覓他處尋求發展。
7、營養
消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
所以在進行水族箱生物過濾系統培養時， 要掌握以下幾個要點：
1、不宜頻繁換水
大量的換水， 容易破壞水族箱中硝化細菌的繁殖， 使附著於底砂濾材中的硝化細菌隨換水大量散失， 同時水質的頻繁改變也無法維持硝化細菌繁殖的適宜pH值， 因此換水不必過勤，1～2個月換20％的水即可。
2、正確清洗濾材
經過長期飼養，過濾系統的濾材上會附著大量硝化細菌，但同時也會積累許多雜質汙物，需定期清洗。清洗時，用原水族箱的海水將濾材輕輕擠壓揉搓，千萬不能用自來水沖洗或使用洗滌劑等化學物質。
3、漸次追加觀賞魚
剛設立的新缸要逐漸增加觀賞魚數量，不可一次放入過多，以免大量的殘餌和排泄物產生的毒素超過硝化細菌氧化分解的能力，造成水質污染和觀賞魚死亡。
4、慎用治療藥物
觀賞魚生病需要治療時，最好能隔離治療。因為預防和治療魚病的消毒劑、抗生素等藥物，不同程度地對硝化細菌的活力有所影響。即使在原缸中治療，治療完畢後，也要及時利用活性炭吸附殘留藥物或進行換水，以降低藥物濃度，並重新添加人工硝化細菌，維持硝化細菌群落的穩定。
因此換水不必過勤，1～2個月換20％的水即可。2、正確清洗濾材
經過長期飼養，過濾系統的濾材上會附著大量硝化細菌，但同時也會積累許多雜質汙物，需定期清洗。清洗時，用原水族箱的海水將濾材輕輕擠壓揉搓，千萬不能用自來水沖洗或使用洗滌劑等化學物質。
3、漸次追加觀賞魚
剛設立的新缸要逐漸增加觀賞魚數量，不可一次放入過多，以免大量的殘餌和排泄物產生的毒素超過硝化細菌氧化分解的能力，造成水質污染和觀賞魚死亡。
4、慎用治療藥物
觀賞魚生病需要治療時，最好能隔離治療。因為預防和治療魚病的消毒劑、抗生素等藥物，不同程度地對硝化細菌的活力有所影響。即使在原缸中治療，治療完畢後，也要及時利用活性炭吸附殘留藥物或進行換水，以降低藥物濃度，並重新添加人工硝化細菌，維持硝化細菌群落的穩定。
