一年四季， 水族箱的水溫變化較大， 而不同的水溫對藥物的作用效果有相當大的影響。 通常魚缸中的水溫越高， 藥效發揮得越好。 但要注意， 水溫升高， 使用藥物的劑量就要減小， 否則會引起中毒現象。 同時， 水溫過高金魚、錦鯉也無法忍受。 如用硫酸銅治療金魚的口絲蟲病， 夏季只需0.5毫克/升濃度， 而冬季則需要1.4毫克/升濃度， 否則會影響藥物療效。
再如冬季給魚兒消毒， 通常採用10毫克/升濃度的漂白粉， 時間20分鐘， 此濃度若是在夏季， 則會產生藥害。 也有資料介紹， 在低溫環境下， 不少的藥物之療效極差，
