孵化進去了離培育出好的錦鯉還是有一定距離的這個期間要經過數次的人工挑選與選育, 一般一窩魚中真正能合格的也就不過千餘尾, 正是千里挑一。 選育過程一般分為34次進行。 主要方法如下:
第一次挑選:仔魚孵出後的2030天內, 當幼魚長到3cm左右開始。 主要是選留體質健壯、活力強, 品種特徵明顯的個體, 對於其他個體淘汰掉。 但因品種不同, 第一挑選時間也有差別, 一般:昭和三色錦鯉約在孵化後15天左右開始挑選, 黃金類錦鯉則從孵化後50天左右開始, 紅白系列和大正三色系列的錦鯉從孵出後60天左右開始。
第二次挑選:第一次挑選後20天左右開始。 選擇規範為鰭形的好壞, 色彩鮮豔與否, 圖案斑紋是否清晰, 品種特徵是否明顯等等。
第三次第四次挑選的時間與準則基本與第二次相同。