巴西龜雖然相對容易養活， 但是也有其不好的地方， 它們排泄太快， 加上溫度高， 剩餘的飼料容易腐敗， 所以水總是發臭。
若干實驗試圖以化學物質保持池水澄清， 但效果並不理想。 用CHlNOSOL(一公克對三十公升水)雖可使水維持一星期澄清、不發臭， 但被龜攪動起來的碎屑和腐敗的糞便即使水質更髒。 巴西龜長期生活在這種水質中， 是否有害大腸菌還沒有定論， 而這種有化學藥物的水是否有傷及動物內臟器官也沒有把握， 所以最好還是不用化學藥物。
最簡單的辦法是完全換水。 餵食後四小時把舊有髒水放掉、抽掉、倒掉。 然後以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。 清洗時先把巴西龜放到一個塑膠盆裡或池畔的陸地上–當然是跑不掉的地方。 注入溫度適宜的清水後再把龜放回水中。
有些種類的沼澤龜或水龜不太能適應完全換清水， 但巴西龜不久便能習慣于這種作法和給它帶來的干擾。 完全換水仍有一個缺點二會誘使彩龜加速排盡腸中糞便， 把剛換過的水又弄髒了， 所以最好在換水後不久察看一下養殖箱(池)， 把糞便清除。
