鱷魚龜常見的疾病有外傷炎症、消化不良、感冒、爛板殼病、水黴病等等。 而總結原因, 這些疾病都是由於環境或者飼養管理不當造成的。
水黴病是一種水中真菌引發的疾病, 也叫水膚黴病。 常發生在冬季不見陽光或水質不良的時候, 導致水質環境真菌寄生, 而是鱷魚龜生病。 患病的鱷魚龜在脖子四周和四肢甚至是甲殼上都可以見到白色絲狀的粘物在水中漂動。 水黴病對成年鱷魚龜危害不大, 但是可能是小龜死亡。 如果發現鱷魚龜患有水黴病, 首先應該用萬分之一孔雀石綠溶液浸洗病龜15m分鐘左右, 同時也可以使用食鹽水浸泡病龜, 殺菌消毒。
感冒多發生在初春或初冬氣候多變的時候。 此外, 飼養管理不當,
如果長期給鱷魚龜餵食大量的飼料或者是難以消化吸收的飼料, 就會導致龜消化不良。 要改善鱷魚龜的消化不良, 可以投喂一些鱗、香、軟味飼料引導食欲。 給龜服用多酶片溶液, 按照每500克龜1片進行餵養。
此外, 由於飼養池粗糙而擦傷皮膚, 或在運輸中互相抓傷而引起細菌感染發炎。 此時可以使用雙氧水對傷口消毒, 塗上紅藥水或紫藥水, 也可抹上消炎藥膏進行治療。
爛板殼病主要是病菌侵入龜殼內發生糜爛。