腸道中存在著大量的微生物， 而這些細菌對於兔子的身體沒有害處， 相反對於其腸道有著很大的好處。
一、菌群的作用
兔子的消化系統中棲息著大量幫助消化食物的微生物（或稱細菌）， 這些對身體有幫助的細菌稱為“有益菌”或“益生菌”。 我們給兔子吃的東西， 其實不是給兔子本身吃的， 而是給它消化道裡的細菌吃的， 它的腸道內如同一個化工廠， 細菌消化分解了這些食物， 再把這些營養給予兔子。 可以說這些菌群給了兔子腸道消化的動力。
二、菌群受到破壞， 對兔子的腸道有什麼影響
錯誤的用藥會殺滅這些有用的益生菌；或是腸道蠕動和排空速度過慢， 會導致有害菌（導致疾病的有害細菌的統稱）大量繁衍， 有害菌數量過多會殺死有益菌， 致病菌過度繁衍， 就產生了能殺死兔子的毒素。 因此保持兩種菌種的平衡是非常重要的， 益生菌過量同樣無益于兔子的健康。
三、哪些問題會破壞腸道內益生菌的平衡
1.胡亂用藥
某些抗生素在治療某種疾病的同時， 也影響到兔子腸道內的有益菌， 殺死它們。 很多抗生素， 人能用， 貓狗能用， 但兔子不可以， 原因就在於此。 所以如果要使用抗生素， 最好事先瞭解， 這類抗生素對兔子的健康有沒有影響。
阿莫西林、慶大黴素（絕對不能口服）、土黴素等、克林黴素，
在飲食上同樣要注意
2.腸道蠕動不充分，
排空速度過慢也會導致有害菌的大量繁衍。
四、菌群平衡受到破壞會對兔子造成什麼不良後果
這個後果其實很嚴重， 有害菌可以用抗生素等去殺死， 但有益菌若大量的死亡， 這是無藥能補的， 所以在為兔子治療和預防疾病時， 一定要注意這一點。 當兔子服藥後出現不適應的反應， 例如精神不佳， 開始食欲減退甚至拒絕進食， 腹瀉等要及時停藥並與醫生取得聯繫， 腹瀉等疾病也一定要及時治療。
因此平時自己給兔子用藥時要注意在藥物的選擇上一定要慎重， 胡亂用藥會嚴重破壞兔子體內菌群的平衡性， 從而引發一系列的不良反應。 同樣的在餵食上也要慎重考慮， 不能像當然地餵食。
