體內和體外寄生蟲是龜類常患的疾病, 其中在野生和進口品種中最為常見。 寄生蟲的大量繁殖會引起龜消瘦、貧血,
芬苯噠唑、甲硝噠唑是常用來除去體內寄生蟲的良藥, 用量為50mg/kg, 把它混入龜最喜愛吃的食物中, 並放在乾淨無水的地方, 以防藥被水沖走, 連續喂藥三天, 一個星期後再重複用藥。 龜類的體外寄生蟲有的長達幾釐米, 也有小如螞蟻的, 故對剛來的龜要仔細檢查。 除去水蛭、螞蟥等體外寄生蟲, 可用沾有酒精的棉花棒使它從龜身上脫落, 再用漂白粉將它處理掉。
隨龜糞便排出的寄生蟲卵能存活一段時間, 故在整個隔離期, 須進行3次以上的糞便核對總和體外寄生蟲檢查, 防止再次復發。