水草的生物性疾病的產生通常可以分成兩個階段, 先由人、魚或其他蝦蟹軟體造成水草的外傷傷口, 再由細菌作繼發性的感染。
一、被水中魚類吃食
有些魚類在原產地即以水草為生, 自然會對水族箱裡的水草痛快下手。 諸如:大型鉛筆魚、銀板、八字娃娃、泰國鯽、皇冠人間等等, 皆應避免飼養在水草缸中。
二、被水中魚類挖掘
有一些魚類, 像是大多數的非洲慈鯛、皇冠泥鰍等, 雖然它們不會吃食水草, 卻有挖掘洞穴的習性, 其目的不外乎覓食、建立地盤與繁殖。 在這些狀況下, 受害最深的往往是水草的根部;輕微的可能只是整株水草浮起;嚴重的可能根被咬斷, 甚至整株水草被連根拔起, 應避免之。
三、被水中螺類吃食
螺類在水草水族箱中是除藻的重要幫手之一,
四、細菌性腐爛症
水草葉片不出現萎黃化的現象, 逕自變得透明並迅速溶蝕掉是細菌性腐爛症的特證, 感染速度極快。 大多由新購入的水草開始發病。 因為不當的輸送過程中所引起溫度的異常變化或是pH變化等, 都是引發細菌性腐爛症的原因。 目前尚無治療此症的特效藥, 一旦發病時, 可除去溶蝕的部份, 並將水溫調整為大約 20-22°C的低溫以防止蔓延。 若投入0.3-0.5ppm的硫酸銅進行殺菌或可降低病情之惡化。
五、水羊齒病
造成水羊齒病的細菌似是具有專一性。