篩檢程式是魚缸不可缺少的一部分， 它可以維持魚缸水質， 保持純淨的環境， 當然，
我們知道魚缸篩檢程式由許多部分組成， 所以 清洗的時候也要一步一步的拆開清洗。
一、步驟：
第一步：清洗過濾棉
第二步：清洗生化棉
第三步：玻璃環 (陶瓷環、生物石等)
第四步：活性炭 (吸氨石、麥飯石等)
因過濾桶密封性及安裝相對複雜， 且為了保護硝化細菌系統， 不宜經常清洗， 因此， 選擇的過濾材料要價格貴些比較高極的材料。
第一層是屬於物理過濾， 主要是將水中的固體殘渣阻擋住， 所以特別容易髒， 清洗也是以這一層為主， 其他幾層通常很少清洗， 常洗反而容易失去硝化菌。 清洗是利用給魚缸換水之機。
取出濾棉， 在抽出的魚缸水中反復漂洗， 也可利用抽水管對濾棉反沖 (當然衝力十分有限)洗。 清洗時， 要注意：
一是清洗過濾棉的時候要用原缸水清洗。 因為用原缸水清洗過濾棉能減少有益菌的損失， 這樣能延長清洗過濾棉的間隔時間。
二是清洗過濾棉千萬不要像洗衣服那樣搓和扭幹。 而是要泡在原缸水裡攪一攪， 髒東西甩出來就行， 要不髒東西一搓就容易積聚到棉的深層。
清洗生化棉：放入清水中， 輕輕捏幾下就可以了， 不要洗的太乾淨， 因為裡面有大量的細菌附著， 洗得太乾淨， 細菌還要重新繁殖， 這樣魚缸的水反而不會清澈。
陶瓷環的清洗方法：陶瓷環放入鍋煮半小時， 然後放入高錳酸鉀進行浸泡半小時，
二、其他清洗時的注意事項：
1、從水中取出篩檢程式或做任何保養時應將篩檢程式的電源斷開。
2、經常性的清洗/更換過濾棉及活性炭是確保過濾有效工作的必要條件。
