蜥蜴的外形可分為頭、軀幹、四肢與尾四部分。 頭與軀幹之間的頸部在外形上並無明顯界限， 但頭可以靈活轉動。 在頭部上可以見到口， 一對鼻孔， 一對眼睛和一對耳孔。 如無外耳孔， 則鼓膜位於表面， 有的種類鼓膜上被覆以細小鱗片或錐狀大鱗。 頭部被覆鱗片。 各種蜥蜴頭背的大鱗片數目及排列一致， 可作分類鑒別的依據；上下唇鱗及頸部鱗片亦相對一致， 也可作分類之參考。
蜥蜴被覆於軀幹外的鱗片的形狀、大小、行數與結構， 也是分類鑒別的依據。 前後肢分別區分為肱（股）， 前臂（脛）， 掌（蹠）與指（趾）等部分。
寵物網介紹， 前後肢均各具5指、趾指、趾末端均具爪。 泄殖肛孔位於尾基部腹面， 是尾與軀幹部的分界。 蜥蜴的兩性差異， 有利於繁殖季節中互相識別， 白晝活動的蜥蜴表現較為明顯。 夜晚活動的蜥蜴可能靠嗅味識別異性。 鬣蜥科的樹蜥及龍蜥等， 雄性頸背的鬣鱗較長。 飛蜥背蜥等， 雄性喉部有較長而具鮮豔顏色的喉囊。
石龍子的雄性頭部比例較大， 頭頸兩則常呈現紅色。 雄性具有鮮豔色斑是蜥蜴兩性差異中最普遍的一種現象。 例如蛇蜥雄性體背具有若干翡翠綠色的短橫斑， 草蜥雄性體側具有鮮綠色縱紋， 沙蜥雄性腋下或腹面具有紅斑等等。 雄性的這種特殊色斑往往在繁殖季節尤為鮮豔奪目。
