在一部分蟒科蛇類的泄殖肛孔兩側都可找到一對呈爪狀的後肢；而蛇蜥， 在外形上連足的痕跡都找不到， 人們常常把它們誤認為是蛇。
就外形上易於識別的特點， 蜥蜴與蛇的區別是：
1.蜥蜴下頜骨的左右兩半以骨縫結合， 不能活動， 口不能張大。 蛇的下頜骨左右兩半以韌帶相連， 彼此間可拉開， 這是蛇的口可以張得很大的原因之一。
2.蜥蜴一般具有四肢， 即使四肢都退化無存的種類， 其體內必有前肢帶（肩帶）的殘餘。 蛇一般不具四肢， 即使有後肢殘餘的種類， 其體內也絕沒有前肢帶的殘餘。
3.蜥蜴多具有活動的上眼瞼和下眼瞼，
4.蜥蜴多數種類的舌頭都較寬大肥厚。 寵物網小編說， 蛇的舌頭都很細長， 前端分叉甚深， 基部位於鞘內， 常通過口前端的缺刻處時伸時縮， 藉以搜集外界（主要是食物）的“氣味”分子， 送入鋤鼻器產生嗅覺。
5.蜥蜴一般都有外耳孔， 即使沒有， 也可從外表看出鼓膜的所在。 蛇沒有外耳也沒有鼓膜， 所以外表上看不出聽覺器官的痕跡。
6.蜥蜴的尾巴都較長， 一般約等於（或僅略短於）頭體長， 或為頭體長的2—3倍。 蛇的尾巴相對較短， 為體長的 1/2到1/4（即尾長占全長的1/ 3—1/ 5）。
