壁虎亞目 分4科, 即四肢發達的壁虎科、前肢退化而後肢鱗瓣狀的鱗腳蜥科、夜蜥科、有活動眼瞼的瞼虎科
鬣蜥亞目 分3科, 即美洲鬣蜥科、鬣蜥科和避役科
蛇蜥亞目 分6科,
雙足蜥亞目 僅雙足蜥科一科
石龍子亞目 分4科, 即非洲蜥蜴科、蜥蜴科、石龍子科和美洲蜥蜴科
鬣蜥亞目(Iguania):典型的鬣蜥亞目成員背上有鬣鱗, 略似楔齒蜥, 均四肢完整, 不少種類可以變換身體的顏色, 並包括一些相貌最獨特的蜥蜴。 鬣蜥亞目下分3個或更多的科, 主要分佈於熱帶、亞熱帶地區, 其中美洲鬣蜥科主要分佈於新大陸, 而另外兩個科限於舊大陸。 鬣蜥亞目樹棲和水棲的成員均比其它亞目更多, 但也有不少陸棲的成員。
美洲鬣蜥科(Iguanidae):又稱鬣鱗蜥科, 是爬行動物中的大科, 約有54屬550~880種, 主要分佈於新大陸從加拿大西南部到美洲最南端, 也有少數分佈於舊大陸的馬達加斯加島和西太平洋的斐濟、東加等島嶼。
美洲鬣蜥亞科(Iguaninae):美洲鬣蜥亞科有10屬36~38種, 分佈於美國南部島巴拉圭之間的美洲大陸, 加勒比海諸島和加拉帕哥斯群島, 並有一個屬分佈於斐濟、東加等西太平洋島嶼, 其中包括一些美洲體型最大和最著名的蜥蜴綠鬣蜥身長可達2米, 是西半球最長的蜥蜴, 常被當作寵物飼養。 海鬣蜥Amblyrhynchus cristatus分佈於加拉帕哥斯群島, 是現存唯一半海生性的蜥蜴, 善於游泳, 在海中進食。 分佈於斐濟和東加的低冠蜥Brachylophus屬成員分佈區與其美洲的同類相隔不下9000公里, 它們如何到達這裡很難解釋。
安樂蜥亞科(Polychrotinae):安樂蜥亞科是美洲鬣蜥科最大的亞科, 多達11屬和250~392種, 主要分佈於中南美洲和加勒比海諸島, 少數可到達美國東南部。 安樂蜥體型比較小, 多為樹棲, 善於變換身體的顏色, 相當於美洲的變色龍。
盔蜥亞科(Corytophaninae):盔蜥亞科有3屬9種, 分佈於墨西哥到厄瓜多爾, 體型較大, 大者可接近1米, 是行動敏捷的樹棲蜥蜴, 也擅長游泳, 並可以在水面上用後肢奔跑一段距離。
角蜥亞科(Phrynosomatinae):角蜥亞科有8屬40~124種, 包括角蜥、強棱蜥、猶他蜥等, 分佈於加拿大南部到巴拿馬一。