鱉的敵害主要有老鼠、蛇類、鳥類、螞蟻、蚊子等, 主要危害鱉卵及1齡以下的稚、幼鱉, 1齡以上體質健壯的鱉危害甚少。 其中老鼠對鱉卵危害最大。 夜深人靜是鱉產卵之良辰, 老鼠也會趁此出洞, 頻繁活動於產卵場所, 一方面干擾鱉正常產卵, 另一方面老鼠在沙床上到處挖穴, 引起鱉卵震動而導致胚胎死亡。 稚、幼鱉也容易被老鼠圍攻和捕食, 一些體質差、反應較遲鈍的成鱉, 在伏岸休息時, 也常是老鼠襲擊的目標。 老鼠食鱉時, 首先咬住鱉的頸部, 繼而將喉管咬斷, 掏出內臟吸取鮮血, 取食鱉肉, 然後逃之夭夭。
1、鱉卵孵化室壁和稚鱉池最好用水泥磚結構, 不留洞穴, 堵塞鼠、蛇過往通道和藏身之所;
2、孵化室周圍建造防蟻溝, 溝深寬約10釐米, 溝內注水, 防止螞蟻進入室內;
3、產卵場、孵化場及稚鱉池周圍, 經常用藥餌毒殺老鼠、蛇, 或設置誘捕器捕捉;
4、經常用藥噴殺蚊子;
5、鳥類可張網防止, 也可用彈弓等工具驅趕。