西番蓮的病害較少， 生產上主要存在根腐病， 疫黴病和炭疽病。 防治病害的主要措施首先是做好排水工作， 防止果園積水， 尤其是部分水田和低窪地區果園， 需防止局部積水導致爛根和誘發病害。
其次是早春在果實採收完畢後， 結合修剪清園， 將病枝、病葉、病果清出園外燒掉， 減少病源。 第三是在發現病害後及時用藥除病， 用敵克松800倍和托布津或甲基托布津1000倍防治根腐病和炭疽病， 用瑞毒每錳鋅1000倍噴霧或塗抹防治疫黴病。 西番蓮的蟲害也不多。
咖啡木蠹蛾
蛀食枝條， 導致蟲口上部所有枝條花果逐步幹死。
其他害蟲
部分地區的新開墾果園可能有白蟻、金龜子、果實蠅、等昆蟲為害， 有些地區還可能有蚧殼蟲為害， 要留意檢查並及時防治。 在果園種植後每株樹離主幹1尺遠處放臭丸1至2粒， 可以驅趕白蟻。 上述其它害蟲可用百分之四十五或百分之五十的馬拉硫磷乳油500至1000倍藥液噴霧， 也可用百分之五十的甲胺膦乳油250倍至400倍藥液噴霧。
需要注意的是金龜子在傍晚後活動咬食葉片的， 因此， 應在傍晚噴藥為好。 另外金龜子的幼蟲雞母蟲是在地下活 動危害西番蓮根系的，
花葉病
[症狀]紫果西番蓮病葉呈典型花葉， 在嫩葉上尤為明顯， 往往有黃點或黃斑出現， 頂部新抽出的嫩葉捲曲， 老葉褪綠及黃化， 病株明顯矮化， 生長不良， 花果顯著減少。 黃果西番蓮病葉亦呈典型花葉， 老葉有黃化斑點， 但病株矮化不明顯。 上述兩個品種的果實均有石果症狀發生。 用小刀削去石果的外果皮， 即可見到果肉中的硬塊。 該病毒由棉蚜、桃蚜等傳播。
